Указом Президента Российской Федерации Дмитрия Медведева №808 от 29.06.2010 г. президент Академии горных наук и НП «Горнопромышленники России» Юрий Николаевич Малышев награжден орденом Почета. С высокой наградой его поздравил председатель Высшего горного совета Юрий Константинович Шафраник.
Юрий Николаевич Малышев — член-корреспондент Российской академии наук, президент Академии горных наук, президент НП «Горнопромышленники России», доктор технических наук, профессор – один из ведущих организаторов и ученых в области горного дела и отечественной горной науки.
Являясь в течение многих лет признанным авторитетом российского горного сообщества, Юрий Николаевич оказывает государственным органам и горному бизнесу в центре и на местах большую помощь и содействие в повышении эффективности развития минерально-сырьевого сектора экономики страны.
В частности, им обоснована новая концепция формирования топливно-энергетического баланса страны с учетом существенного увеличения в нем доли угля, положения которой использованы при разработке утвержденной в 2008 г. Правительством РФ «Генеральной схемы размещения объектов электроэнергетики до 2020 года».
Ю.Н. Малышевым подготовлены научные основы развития экологически чистой угольной энергетики, созданы новые виды угольного топлива (водоугольная суспензия и суперчистое углеродное топливо) и технологии сжигания угля. Он продолжает оказывать содействие в завершении реструктуризации угольной промышленности, важнейшие положения, правовые документы и основной объем работ которой выполнены под его руководством и при непосредственном участии.
Ю.Н. Малышев удостоен звания лауреата Премии Совета Министров СССР (1984 г.), Премии Ленинского Комсомола (1990 г.), Государственной премии Российской Федерации (1993 г.), Премии Правительства Российской Федерации (2001 г.)
Он отмечен международной медалью Всемирного горного конгресса имени Крупинского, золотой медалью Дизеля (ФРГ), Офицерским Крестом ордена «За заслуги перед Польской республикой», избран членом Инженерной Академии Югославии, членом-корреспондентом Международной инженерной академии. Награжден знаками «Шахтерская слава» всех трех степеней, орденами «Святого Даниила Московского» II и III степеней, Патриаршим знаком святой великомученицы Варвары.