12 января 1993 года президент Борис Ельцин подписал Указ о назначении Юрия Шафраника министром топлива и энергетики.
Это был не просто сложный, а поистине драматический период в судьбе России: рушились политические скрепы, разрывались экономические узлы, державшие жизнеобеспечение страны. Резко менялись формы хозяйствования и собственности. При этом часто отрицались даже те экономические принципы и механизмы, которые давно и успешно используют страны с развитой рыночной экономикой.
Тогда, избавляясь от огромных монстров ‒ советских министерств, которые были политическими и хозяйственными органами, можно было либо пойти по пути развала их производств (вплоть до самостоятельности каждого цеха), либо строить принципиально новый, отвечающий требованиям времени орган федерального управления.
Министерской команде Шафраника удалось выработать новые подходы, обеспечить разработку новой энергетической политики России, которая была утверждена постановлениями Правительства и Указами Президента. Именно Новая энергетическая политика стала тем нормативным документом, который определил рамки и направления, создал основу для реформирования всех отраслей топливно-энергетического комплекса (ТЭК).
Ядром реформирования были платность недропользования, создание вертикально-интегрированных компаний как основы структуры отраслей, адаптация методов хозяйствования и механизмов управления к тем экономическими моделями, которые в то время реализовывались в государстве.
Прошедшее время показало, что по всем основным отраслям ТЭК ‒ электроэнергетика, газовая, нефтяная и угольная промышленность (как наиболее тяжелая социально) ‒ были приняты эффективные и результативные решения. Именно они во многом обеспечили к концу 90-х ‒ началу 2000-х рост основных показателей, объемов добычи и производства, радикальное снятие социальной напряженности в этих отраслях и регионах.
Столь масштабные процессы реформирования требовали проведения огромной работы по нормативно-правовому обеспечению. Она велась через межведомственные комиссии, которые возглавлял Шафраник, через Государственную Думу и Совет Федерации. Безусловно, наличие у министра ещё и статуса сенатора, избранного прямым голосованием от Ханты-Мансийского автономного округа, позволило ему создать значительную правовую поддержку новым законам на всех уровнях государственной власти. Принятые законы, постановления, указы и другие нормативные акты создали необходимое правовое поле и задел для деятельности компаний во всех отраслях ТЭК на многие годы. Во-первых, компании и предприятия ‒ независимо от формы собственности ‒ могли действовать в рыночных условиях как в стране, так и за рубежом. Во-вторых, в новых экономических условиях создавались новые собственники и новая собственность.
При этом Шафраник четко различал приватизацию предприятий и реформирование отраслей ТЭК. Именно такой подход он отстаивал в Правительстве при решении важнейших вопросов российской энергетики. Деятельность по приватизации потребовала огромной подготовительной аналитической работы, создания сложного механизма согласительных процедур с предприятиями, территориями, федеральными министерствами и ведомствами. На заключительном этапе предложения в Правительство вносила специальная межведомственная комиссия, которую возглавлял руководитель Минтопэнерго.
Наряду с успехами были и издержки, вызванные революционностью и радикальностью реформ. Но главное, что они позволили новым компаниям выжить в бурный период формирования рыночных отношений, ускорить их адаптацию к особенностям западной экономики.
Шафраник неоднократно подчеркивал необходимость создания привлекательного для западных инвесторов инвестиционного климата на предприятиях ТЭК и подготовки новых масштабных проектов. При его непосредственном участии был подготовлен и начал реализовываться проект по строительству Каспийского трубопроводного консорциума (КТК). Долгие годы он был председателем Совета директоров КТК. Проектами, которые осуществили своеобразный инвестиционный прорыв в российский ТЭК, стали Балтийская трубопроводная система, освоение Тимано-Печорской нефтяной провинции, «Сахалин-1» и «Сахалин-2».
Позже, в 2000 году, за большой вклад в осуществление двух последних проектов Ю.К. Шафраник был награжден орденом Почета.
Формирование новых экономических отношений в топливно-энергетическом комплексе поставило вопрос об изменении форм и механизмов управления ТЭК. На тот момент большинство компаний имело контрольные пакеты акций, закрепленные в федеральной собственности. Официально управление ими осуществляло Госкомимущество России, однако из-за недостатка квалифицированных специалистов это управление было во многом формальным.
Являясь убежденным государственником Шафраник подготовил и внес в Правительство ряд проектов Указов Президента и постановлений Правительства Российской Федерации о передаче пакетов акций предприятий ТЭК, закрепленных в федеральной собственности, в Минтопэнерго России. Кроме того, предлагалось продлить сроки нахождения акций нефтяных компаний в федеральной собственности. Проект постановления попал в прессу и Шафраник был обвинен в попытке остановить приватизацию и национализировать нефтяные компании. Ситуация обострилась еще сильнее, когда Правительство приняло схему проведения залоговых аукционов.
Шафраник выступил против этого. Тем не менее, залоговые аукционы прошли с «большим успехом» и ряд ведущих нефтяных компаний оказались в частных руках за очень небольшие деньги по сравнению с их реальной рыночной стоимостью.
Несмотря на активное создание нефтяных компаний, большинство из них представляли достаточно рыхлые образования в организационном плане. Необходимо было выработать и реализовать механизм их структурного, организационного и финансового укрепления. Эти задачи решал подготовленный Шафраником Указ Президента Российской Федерации от 1 апреля 1995 года, №327, «О первоочередных мерах по совершенствованию деятельности нефтяных компаний». Данный Указ создавал условия для усиления вертикальной интеграции и совершенствования структуры нефтяных компаний, а также закреплял статус акционерных компаний «Транснефть» и «Транснефтепродукт» как основных объектов государственного регулирования в нефтяном комплексе.
Кроме того, Государственное предприятие «Роснефть» преобразовывалось в акционерное общество и наделялось особыми полномочиями Правительства РФ по доверительному управлению закрепленными в федеральной собственности акциями акционерных обществ, не вошедших в состав нефтяных компаний, и функциями генерального заказчика научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по общеотраслевым программам, а также по реализации государственной доли углеводородов по соглашениям о разделе продукции.
Указ Президента существенно повышал и укреплял статус Министерства топлива и энергетики России, наделяя его новыми полномочиями по координации управления нефтяным комплексом. Можно без преувеличения сказать, что Указ №327 открывал новую страницу в развитии нефтяного комплекса России. То, что в стране сегодня есть мощные нефтяные компании, ‒ заслуга именно этого Указа. И хотя выдвинутая Шафраником в 1995 году идея создания Национальной нефтяной компании не была воспринята Правительством, документ за номером 327 по факту определял компанию «Роснефть», как Национальную, поскольку ей были переданы все соответствующие полномочия.